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     BD Rhapsody TM 单细胞分析系统

     平行分析数千个单细胞内数百个基因的表达水平




克服 PCR  偏差 – BD  分子 标签


       当对序列读取进行计数时,PCR 扩增偏差可导致基因定量不准确。BD 的分子标签专利技术为单个细胞的单个基因分配了独特的分子索引,也称为“分子条形码”。实验者可借此克服扩增偏差,更准确地计算转录水平。


为您的实验定制工作流程


      对于不同用户和实验,单细胞实验工作流程往往需要不同程度的样本操作、质量和通量。BD 仪器选项可以根据具体需求进行配置。BD FACS 分选机(如 BD FACSMelody?)是 BD Rhapsody 系统上游样本富集的良好选择。BD Rhapsody扫描仪提供自动化细胞计数和细胞样本活性测试,帮助用户制备适用于卡式芯片单细胞捕获的最佳浓度的样本。扫描仪提供了卡式芯片上微球捕获细胞的计数。BD Rhapsody 上样台轻巧便携,可在实验室内轻松移动。同样还提供生物信息
学途径和可视化工具。这些工具包括 UMI 分析算法和可视化工具,即使没有经验的用户也可分析和理解单细胞数据。



更有效的测序可以更低的成本 实现 更高的 通量


      由于与高通量实验方法相关的测序成本,单细胞实验往往非常昂贵。BD Rhapsody 单细胞分析系统设计有多个功能,可以更有效地利用测序来降低实验成本。


●  靶向测定 - 由于检测灵敏度的提高,特定的基因组合方法可使用少量的时间和成本,帮助产生类似于全转录组分析(Whole Transcriptome Analysis,WTA)测定的结果。这种方法还提高了 UMI 计数效率,从而极大程度的节省了实验时间和成本。


●  储存 - 从样本中得到的完整 cDNA 可在磁性微球上稳定存储,允许将珍贵样本保存长达 16 周。这可使用户在时间允许的情况下灵活地对样本进行测序,并通过对储存的微球池进行等分或分样来实现同一样本的多个测定。


●  分样—在磁性微球上储存的 cDNA A 可以分成一个或多个等分试样,并使用定制或预先设计的组合(panel)进行扩增。通过提供对部分样本进行测序的选项和对样本不同组合(panel)进行测试的灵活性,分样可降低成本。



使单细胞测序效率更高


        靶向方法对单细胞分析的益处通过使用竞争产品的WTA 测定和 BD Rhapsody 免疫反应组合(panel)(人)在相似的测序深度下对外周血单核细胞(PBMC)进行表达谱分析来证明。虽然两种测定方法的 t-SNE 表达谱分析都显示了已知 PMBC 细胞类型的聚类结果,靶向组合(panel)显示了比 WTA 更高的灵敏度(读数/细胞)和 UMI 计数效率。BD Rhapsody 测定实现了与竞品 WTA 测定类似的聚类性能,而测序读数降低了近 10 倍(靶向读数 2k vs. WTA 读数 20k)。与使用 WTA 方法不同,靶向组合(panel)避免了对多个高表达基因的测序如核糖体蛋白或低表达变异性,从而提高测定效率。

      混合微球的测试储存(参见图 6),从含有稀少转移性乳腺癌细胞的淋巴结所得的 1,000 个细胞的两个分样使用BD Rhapsody Onco-BC 靶向组合(panel)进行分析。在 4℃下保存微球,在 0、6和 12 周对样本进行测定。在分样之间基因表达具有很强的相关性,表明储存 cDNA 具有极小的批次效应和较高的稳定性。



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